酶聯免疫吸附測定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）指將可溶性的抗原或抗體結合到聚苯乙烯等固相載體上，利用抗原抗體結合專一性進行免疫反應的定性和定量檢測方法。分為夾心法，間接法和競爭法三種。

ChiRP（Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法。該方法是通過設計生物素或鏈霉親和素探針，把目標RNA拉下來以后，與其共同作用的DNA染色體片段就會附在到磁珠上，后通過qRT-PCR、測序、免疫印跡法和質譜分析等確定目的RNA、DNA和RNA結合蛋白（RBPs）。

研究DNA結合蛋白與其靶DNA之間相互作用的主要實驗手段之一。原理及流程如下： 鏈親和素磁珠能夠與生物素標記DNA/蛋白復合物結合。在磁場下或通過離心使結合物與上清液分離，吸棄上清液并洗滌磁珠，然后用SDS樣品液使蛋白變性而與磁珠分離。分離液中的蛋白質用SDS 聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）或雙向電泳分離，SDS PAGE用高靈敏度考馬斯亮藍（CBB）染色。然后從染色膠上切下所需蛋白帶進行質

RNA pull down實驗 檢測RNA結合蛋白與其靶RNA之間的相互作用。使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過western blot實驗檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用。

熒光素酶報告基因是指以熒光素（luciferin）為底物來檢測螢火蟲熒光素酶（fireflyluciferase）活性的一種報告系統。熒光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的過程中，會發出生物熒光（bioluminescence）。與熒光蛋白不同的是，熒光素酶不需要額外光源，但是需要加入熒光素。

CHIP-seq，指的是結合位點分析法，作用為研究體內蛋白質與DNA相互作用。染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。