薄切片可提高顏料、探針和抗體的可及性，且和降低不同細胞層空間疊加造成的影響。對于光學顯微鏡，石蠟是常用的硬質切割材料。切片后，石蠟組織切片可有多種用途，如免疫組織化學染色，和用以研究基因表達、蛋白表達，DNA突變等研究的原位雜交實驗。

蘇木素（Hematoxylin）-伊紅（Eosin）染色法，簡稱HE染色法。蘇木精染液為堿性，主要使細胞核內的染色質與胞質內的核酸著紫藍色；伊紅為酸性染料，主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。HE染色提供良好的核漿對比染色，是細胞化學染色常用的一種方法。

酶聯免疫吸附測定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）指將可溶性的抗原或抗體結合到聚苯乙烯等固相載體上，利用抗原抗體結合專一性進行免疫反應的定性和定量檢測方法。分為夾心法，間接法和競爭法三種。

含熒光蛋白的載體可作為轉染標記來轉染細胞，以進行活細胞標記。其不含MCS。在這些載體中，熒光蛋白可以持續表達，并且可以被熒光顯微鏡或流式細胞檢測到，因此可以提供可觀的轉染/共轉染或移植實驗后對細胞的監控的證據。

FISH（fluorescence in situ hybridization）技術是一種重要的非放射性原位雜交技術。基本原理：如果被檢測的染色體或DNA纖維切片上的靶DNA與所用的核酸探針是同源互補的，二者經變性-退火-復性，即可形成靶DNA與核酸探針的雜交體。

原位雜交（In situ hybridization）是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行精確定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。根據所用探針和靶核酸的不同，原位雜交可分為DNA-DNA雜交，DNA-RNA雜交和RNA-RNA雜交三類。按其作用方式分為固相雜交和液相雜交。